对国际组织的研究，国际关系主流学派的基本逻辑链条都是“国家—国际组织”之间的互动。主流学派存在的共同问题是忽视了国际社会中“国际组织—国际组织”之间互动的现象，也就是国际组织间的关系问题。正如汉娜·欧亚内所说：“（国际）组织间关系也是国际关系领域一个非常重要的现象，但在很大程度上这种现象尚未引起注意，或者是被人忽视。”在三大理论学派看来，由于受制于组织章程、组织资源以及不同的组织文化，国际组织之间的合作如果不是不可能的话，那也是微不足道的。虽然也曾有学者呼吁重视对国际组织间关系的研究，比如，早在上个世纪 80 年代瑞典政治学教授克里斯特·琼森就尝试将一般组织学理论运用到国际组织间关系研究中去，以弥补二者之间的“鸿沟”；几乎与此同时，盖尔·内斯与史蒂文·布里金则提出组织生态学与国际组织之间存在彼此忽视的情况，二人主张“将国际组织当作组织”，组织生态学理论可以被直接运用到国际组织的行为以及运行规律的研究中。然而，这些极富创造力的学术倡议并没有没有得到应有的重视。

直到近年来，才有学者开始投入到国际组织间关系的研究中，并且关注这一问题的人也在不断增多。这一趋势被约阿希姆·库普斯称之为国际政治研究中的“组织间关系转向（inter-organization turn）”。至少有四种因素催生了这种“转向”：首先，国际组织在国际社会中的作用不断增强。其次，以理论为导向的研究脱离现实。国际组织间关系已经成为国际社会中的重要现象，国际组织之间竞争与合作的原因无法从主流的三大理论学派中找到答案。它迫切需要新的理论解释工具来。再次，国际组织理论研究的推进以及对其它学科理论工具的借用。进入新千年之后，国际组织研究进入到了一个新的阶段，其主要标志是委托代理理论与社会学制度主义被运用到国际组织的研究中。学者们运用委托代理与社会学制度主义基本解决了国际组织的自主性问题。

当把国际组织看作是自主性行为体时，一般组织理论就可以被用来分析国际组织间关系的问题。这种跨学科理论的借用和引入为人们研究分析国际组织间关系提供了有力的理论工具，一些学者尝试在上述理论基础上建构新的分析框架，并用来解释国际组织间关系的演变规律。最后，国际制度复杂性理论的发展。国际制度复杂性理论主要缘起于国际机制互动的研究。国际制度复杂性理论主要研究国际制度之间的互动以及对国家行为的影响。

在国际组织间关系研究兴起的背景下，一些学者也开始从该角度来分析欧盟与北约关系。

2009 年，斯蒂芬妮·霍夫曼发表《国际安全领域内的制度重叠：以北约与欧盟共同安全与防务政策为例》一文。霍夫曼的主要贡献是将国际机制复杂性理论运用到国际安全研究领域。霍夫曼的研究重点是分析制度重叠对国家战略选择以及对欧盟与北约的影响。她认为在重叠性的安全制度中，国家可以有三种战略选择：（1）“劫持制度”，这是指那些只加入一个国际制度的国家（也就是单一成员国）可以利用自己手中的否决权去阻止两个重叠的国际制度之间的合作，将国际制度当作“人质”来追求狭隘的国家利益。例如前文已经谈到的土耳其与塞浦路斯。土耳其只是北约的成员国，并且因为塞浦路斯问题否决了欧盟与北约之间的合作；与之相对，塞浦路斯也采用相同的措施：（2）“草坪战”，指的是两个地区安全组织相互入侵对方原有的“领地”。如欧盟国家利用欧盟共同安全与防务政策排斥美国以及北约。而北约成员，如美国则将北约的职能扩展至本来已经由欧盟占据的民事危机管理中；（3）“蒙混过关”（Muddling through）。由于上述“制度劫持”与“草坪战”两种策略被组织成员国广泛运用，导致了北约与欧盟之间的合作不能得到实现。但是，并非所有的国家都反对欧盟与北约的合作。那么，这些希望欧盟与北约之间开展合作的国家则会采取“非正式”会议，比如欧盟与北约之间的部长级会谈、北约秘书长与欧盟共同安全与防务政策高级代表之间的“午餐会”来促进两个组织间的协调和信息交流。这些会谈没有备忘录，也不发布联合宣言，因此不会遭致土耳其、塞浦路斯等国的反对。这种策略被称为“蒙混过关”。制度重叠对欧盟与北约的影响主要体现这两个组织逐渐在结构与功能上呈现趋同。由于现代危机管理不仅包括民事领域，也包括军事行动。欧盟与北约在对安全的界定上不分军事与民事领域，导致二者追求相同的安全目标，而不是“回过头想想哪一个组织最适合维护军事安全，哪一个组织最适合维护民事安全”。

2007 年，拉斐尔·比尔曼提出“国际组织间网络理论”，分析了国际组织间互动的原因以及国际组织间网络形成的原因和影响。比尔曼以欧盟-北约互动为例来阐述自己的理论，按照他的观点，议题密度、资源依赖、组织学习是导致欧盟与北约合作的主要动力，而两个组织对组织自主性的重视以及不同的组织文化则是合作的阻碍因素。比尔曼可能是较早的将资源依赖纳入到国际组织间关系的分析中，但在他的文章中，比尔曼很粗略的解释了资源依赖对组织间关系的影响。

丹麦罗斯基勒大学博士候选人莫藤·图尔斯特鲁普则主要借助拉斐尔·比尔曼的“组织间网络理论”对欧盟-北约关系进行了分析。他认为不断增长的议题密度、资源依赖推动了欧盟-北约建立起正式关系，同时，也指出国家的投机行为、功能领域的接近等造成欧盟与北约之间的竞争。在对欧盟与北约共同参与的索马里、科索沃和阿富汗等三次危机管理行动进行详细研究后，作者的结论是随着两个组织面临的挑战不断增多以及成员国投机行为的不断减少，欧盟与北约将从目前的竞争走向合作。图尔斯特鲁普的文章运用了一般组织学的理论，具有一定的创新性。但该文也存在一些值得继续探索的问题，比如作者认为资源依赖是欧盟与北约加强合作的一个因素，但在作者的文章中并没详细论述欧盟与北约资源依赖的生成机制以及资源依赖的程度。另外，作者认为欧盟与北约成员国的投机行为会不断减少，但是却没有分析什么因素可以抑制机会主义。 复旦大学孔凡伟博士利用国际机制互动的理论建构了“交叠式国际组织间关系”的分析框架，其中国际组织主要成员国的利益契合、组织功能重合、组织成员重叠是决定“决定交叠式国际组织关系”三个因素。他的基本假设是主要成员国的利益契合程度决定组织间关系的基本状态；功能重叠通过塑造组织资源和组织规范来影响组织间的竞争与合作；成员重叠通过影响成员的利益来影响组织间关系。根据上述分析框架，孔凡伟对欧盟-北约关系的基本判断是二者在冷战后形成了一种竞争与协作的关系。孔凡伟是国内最先借用国际机制互动理论来分析欧盟-北约关系的学者，他所建构的“交叠式国际组织关系分析框架”能将国家层面与组织层面两种因素结合起来避免了将“欧盟与北约关系”等同于“欧美关系”的弊端，这无疑具有创新性。这也给了我们极大的启发。但该文值得商榷的地方是作者对两个组织内主要成员国的利益契合度的分析。事实上，冷战结束以后，随着共同敌人的消失，欧美之间的安全利益不是趋同而是呈现“偏离”趋势。美国乔治城大学国际事务教授查尔斯·库普钱指出，冷战结束后，大西洋秩序发生重大“转型”；自上个世纪 90 年代以来跨大西洋两岸的纷争并 “并非是一时地偏离轨道，而是标志着一个历史的断裂点”。胡安-卡米洛·卡斯蒂洛也指出，冷战结束后，欧盟更倾向于“根据自己的需要、利益以及条件”来处理全球性安全事务，这就导致了欧洲与美国之间越来越明显的“不一致”以及“鸿沟”。因此，在研究欧盟与北约的关系中，应考虑到欧美之间的分歧，也要考虑欧盟内部的分歧。这样才能更深入的了解欧盟与北约互动的规律。