回国前钱学森在美国主要从事火箭、导弹研究和工程控制论研究;回国后，钱学森一方面致力于发展我国的火箭、导弹和航天事业，另一方面在总结国外自然科学发展的基础上，明确提出建立系统科学。“系统科学是从系统观点，应用系统方法去研究客观世界的。钱学森认为系统科学是对以还原论为主要思维方式的近代自然科学的扬弃和超越，提倡用系统的观点观察自然界、人类社会和人。“人是一个极为复杂的、物质的巨系统，……要理解如此复杂的物质系统，搞清它的功能，只用还原观的方法，一级一级分解下去，从人到人体各系统，到各系统的组织学，到细胞，到细胞器，到细胞核，到染色体，·····一直分到生物学，是必要的，但也是不够的。我们还要用整体的观点来理解人体巨系统所自然形成的多层次结构，每一层次不同功能，层次之间的关系等等。我们要把还原观和系统论结合起来，综合起来研究人体和环境，这才是人体科学的任务。  

当然，在确定了用系统方法研究人的思路之后，钱学森还着重从人体科学与普通生命科学的区别上论述了人体科学研究的对象。“我们研究为什么把人体科学划出来，而不划在生命科学里头，原因就是人是有意识的，人是在生命现象里头很特别的一种生命现象。因为人有意识，其它的生物没有意识。”钱学森认为人体科学与普通生命科学的区别，主要就是人体科学把现实的有意识、思维活动的人作为自己的研究对象，也就是说把活生生的现实的具有意识、思维能力的人作为研究对象，而不是像普通生命科学那样仅从生物学角度研究人的生理特征。“因此人体科学的研究要把握物质与精神，客观与主观，大脑与意识的辩证关系。这是人体科学的又一核心思想。”既然人体科学把有意识的人，特别是把大脑与意识的关系作为自己的研究对象，那么人体科学是如何看待人身上的形神关系，也就是大脑与意识的关系的呢?钱学森在演讲报告中多次强调他完全肯定诺贝尔奖获得者、美国著名神经生理学家斯佩里(Roger·Sperry)对大脑与意识之间关系的论述。钱学森认为:斯佩里“提出人的意识和思维是人脑的高阶层活动的结果，……到底有几个层次，他也说不上来，但还有一个最高的即人的意识和精神思维的活动。Sperry的这种思想，我觉得是对的，为什么对?因为跟我……宣传的系统论或系统观的思想是完全吻合的。; }s〕钱学森以赞赏的口吻极力推崇斯佩里把精神、意识理解为人脑神经系统突现产物的看法，认为精神、意识系统在层次上高于人脑神经系统。   

在提出用系统方法研究人的过程中，钱学森注意到传统的中医理论很早就开展了这方面的研究，并把中医列为开展人体科学研究的基础理论。“中医的理论发生于近代科学还没有兴起的时候，它也不知道什么是近代科学，更不知道什么是现代科学，所以它反而没有这方面的限制和束缚，也就是不受还原观的束缚，因而中医的理论倒是系统论的，从整体出发的。”与西方还原论思维方式不同，中医理论认为人是由心、肝、脾、肺、肾等五脏六腑有机结合、相互联系形成的整体，其中的心对其它脏腑起支配、统帅作用。“心者，生之本，神之变也。”(《内经·素问·六节藏象论》)“心者，君主之官，神明出席焉。”(《内经·素问·灵兰秘典论》)“心者，五脏六腑之大主也，精神之所舍也。”(《内经·灵枢·邪客》)一方面，在中医理论看来，心在人体众多脏腑器官中处于君主地位，可以对人体四肢及各个脏腑器官发号命令，人体各个脏腑器官必须在心的主宰和支配下才能进行正常的生理活动，失去心的支配和控制人体各个脏腑器官的功能就无法正常发挥;另一方面，中医理论认为心不仅对形体及四肢起支配、统帅、决定的作用，同时也是意识、思维等人的精神活动的场所和器官。   

中医理论认为心处于君主统帅地位，对人体五脏六腑起支配、控制作用，而按照系统论的观点，精神、意识是人脑最高层次系统。大家此时应注意到，运用系统方法解读精神、意识与中医理论对心的看法在逻辑上完全相同，二者都是把精神、意识或心看成是人体的最高层次系统，这个高层次系统完全可以向下支配、控制处于低层次的人的形体和四肢。由于受近代科学还原论思维方式的影响，过去我们总认为中医理论不科学，当我们用系统论的观点重新审视中医理论时，特别是重新审视人身上的形神关系时，可以发现中医理论对心身之间的论述是非常严谨、深刻的，并且在几千年前就做出了现代系统科学才能做出的结论。当然，由于时代条件的限制，特别是认识方法或思维范式的限制，难免出现近代科学难以解释的特殊现象，这是造成人们普遍误解中医的最主要的原因，但我们不能由此而否定中医理论的科学性，更不能否定中医理论对心身之间关系的论述。对于传统中医理论，钱学森早就无限感慨地讲过:“从前老不能理解的，中医讲‘心’不是很重要吗。心是什么‘神之官’哪。……官就是脑子，怎么会是心呢?现在看这个话恐怕有点道理。”