1、审计人员从业素养需要得以进一步提升

在目前国内建筑市场中存在这样一种奇怪的现象:施工单位在给审计单位报送竣工结算资料时，往往会故意把结算金额提高一定比例后再报送审计单位，至于这“一定比例”的确定，施工单位常常会通过一些不正当的手段从审计人员处获知，甚至是在审计过程中，个别审计人员还会帮助施工单位找补资料，把审减金额往下调整。审计人员个人的从业素养关乎整个工程审计的结果，虽然目前审计单位是依据工程审减金额进行收费，但是审计人员不能只顾个人眼前利益而忘却职业道德。

2、审计最初参与时间点过于靠后，缺乏对工程变更的全过程审计

当下大部分工程的审计都只是停留于竣工结算阶段，审计职员针对工程变更的审计也只是单单依据施工单位所提交的工程资料，但是在实际工程中，工程变更总是随着工程的推进陆续产生，如果在工程变更发生后的一定时期内不能对其进行审计确认的话，变更资料失真和丢失的概率就有可能随着相隔时间的增长而变大，到了后期的竣工结算审计，审计人员在不了解实际情况下，审计结果出现偏差也就不可避免。因此，对工程变更实施全过程审计就显得十分必要，这样一来，在工程变更发生后，审计人员就能够依据现实状况实时完成变更审计工作，在竣工结算审计的时候，就只是需要对前面所做的变更审计进行一个简单汇总就行了，既能保证变更审计结果的准确、合理性，又能简化竣工结算审计工作。   

3、工程竣工结算变更项目审计工作量过大

在工程项目建设过程当中，因为施工环境、建设单位要求、法规政策等条件的改变，常常会引发工程变更的产生，而且，由于近些年国内建筑市场竞争的激烈化程度的加深，施工单位往往都是低价中标，施工过程中通过不断增加工程变更、签证数量来增加自身盈利额，所以在竣工结算的审计过程中，需要审计的工程变更就会很多，如果要求对每一个变更都做出详细审计，那工作量将会很大，审计人员也就难免出现疏忽和遗漏。因此，在对工程变更的审计进程当中，审计人员一开始便要按工程变更价款对工程总成本影响的大小进行重要性排序，依据排序的不同对工程变更作不同程度的审计，使审计结果尽量接近于实际情况。

4、变更项目价款难以审定

在工程变更项目审计过程当中，常会发生这样一种情况:施工单位人员和审计人员就被审计变更项目的工程量及其综合单价的计算和确定问题争论不休「34]s如:在变更项目工程量的确定上，施工单位根据变更方案施工过程当中现场明确发生的工作数量进行变更项目对应工程量的确认，而审计单位却是依据工程定额计算规则对变更项目进行确认。而在变更项目综合单价计算时，施工单位在有类似项目的情况，重新对变更项目依据新的材料价格，人工费用，套用定额进行了组价，没有考虑任何的竞争优惠，但审计人员在审计时，却只是对材料价格做了调整。诸如此类的情况，在实际工程审计中还有很多，施工单位人员为了能够更多的盈利，努力扩大变更项目价款，而审计人员往往由于自身专业能力的限制，不能对变更项目工程量及其对应综合单价做出正确审计，对工程造价造成不利影响。