在《申辩篇》中，控告人指责苏格拉底研究天上和地下的事物，把无理的说成是有理的。 这就说明了苏格拉底是研究过自然的，只不过他把无理的说成了有理的而己。那么，苏格拉底怎么能够将无理说成有理的呢?他自己的说法是因为他具有一点“人的智慧”而不是一般人理解的“超人的智慧”。这点人的智慧就是他自知他是无知的。正因为如此，他就比那些自认为自己具有“超人的智慧”的人更智慧。在这些人看来本是“无理的”，苏格拉底用“人的智慧”把它们说成了“有理的”，例如，他就把“无知的”这样“无理”的行为说成了“最智慧”的行为。因此，苏格拉底特别强调“人的智慧”。因为“爱‘爱智’是人的自然倾向。

据此，他提出了用“人的智慧”去考察生活。因为“不经考察的生活是不值得过的”。为此，伦理和政治的问题便是苏格拉底关心的重要问题，但是，这并不能说他的思想中没有自然哲学的思想。恰恰相反，他在根本上确认了人的“自然性”。因为这里的自然性不仅包括先前自然哲学中自然事物的思想，而且还包含了后来人们认为的所谓人的“社会性”的思想。这就为以后西方哲学能够从理性角度去研究人奠定了基础。    

在《斐多篇》中，苏格拉底还对他的“自然哲学”思想发展过程进行过详细的说明。他年轻的时候曾经研究过“称为自然研究的智慧”。当时他认为这是一件愉快的事情。但是后来他发现他完全不适合进行这类研究。因为这些研究把他搞得头昏眼花，甚至丧失了基本的知识。例如，从常识上说，人是由于吃喝而成长的，但是自然哲学却认为不是这样的，他们认为万物都可以归结于“本原”。因此，万物成长，在他们看来，不过是本原的变化而己，包括人也是如此的。这样，人的成长就同吃喝无关而同本原相关了。对此苏格拉底感到非常不解。因为自然哲学这样的解释是很不自然，是同常识相悖的。对于自然事物的解释，苏格拉底也感到不满意。比如，大家都知道1加上1就等于2。但是，人们却不知道1和2是什么关系。而这样的关系，在他看来，才是最重要的。只有明白这样的关系才能够真正解释这个等式的含义。因为人们既可以这样理解:1加上一个1就等于2也可以理解为2分解为两个1 0那么，这两种解释中哪一种理解是正确的呢?抑或两种理解都是正确的?然而，如果两种理解都是正确的，那么，原因和结果的关系就不清楚了。如果只有一种关系是正确的，那么，究竟是哪一种关系是正确的呢?这些问题让苏格拉底困惑。)也就是说，苏格拉底批判自然哲学的原因就在于他认为先前自然哲学对很多问题的说明和解释都是不对的。造成这些错误的原因在于自然哲学仅仅注意到了万物的表象而没有去研究万物之间的自然关系等问题。而这样一些研究自然的方式不仅不能够说明自然事物而且还会将人们具有的常识搞混乱。    

后来苏格拉底看到了阿拉克萨戈拉的一本书中提出了“努斯”的作用及其造成万物的观点，开始时还认为努斯是万物的原因之说应该是正确的。因为努斯把每件事物都安排得井井有条，即某种存在着的最好状态。因此，人们思考万物时就不再去考虑那些杂乱无章的表象而应该去考虑自然事物的有序，根据秩序自然事情便可以分成优良事物和低劣事物。这样，人们便有了好坏的知识。例如，对于大地是扁的还是圆的，大地应该是在宇宙的中央还是边缘等问题，就可用努斯理论来说明。然而，在详细研究努斯思想之后，他又对阿拉克萨戈拉的思想感到了失望。因为“我进行阅读的时候，看到这个人并不用‘心灵’，并不用任何真正的原因来安排事物，只是提出气、清气、水以及其他莫名其妙的东西当作原因。“这就是说，在苏格拉底看来，阿拉克萨戈拉的努斯思想中是存在着分裂的。一方面，万物都会受到一般心灵或努斯的作用;另一方面，万物又受到实际条件的限制。抽象努斯的作用和实际的限制不能够有机的结合在一起。究其原因，苏格拉底认为是由于阿拉克萨戈拉分不清楚具体原因和形成原因条件的关系造成的。

先前的自然哲学和阿拉克萨戈拉自然思想都不能够说明和解释万物存在的根源。因此，苏格拉底就必须自己提出一套新思想来说明万物存在。因此，苏格拉底自己说，如果他对先前自然哲学探索是“第一次航行”的话，那么，提出新的思想则是他所谓的“第二次航行”了。

苏格拉底说到:“在这以后，我既然放弃了直观‘是者’( Beings，存在者)，就认定必须小心谨慎，不要犯人们常犯的那种错误，在日蚀的时候瞪着眼望太阳。这就是说，苏格拉底“第二次航行”首先是放弃了自然哲学那些直观对象的方式，既不直接去看对象，也不去看对象的那些表象。他提出“必须求助于思想，在思想中考察‘是者’的真相。思想中的事物，在他看来，就是经过思想作用的事物，这类事物己经同直观到的事物完全不同了。为此，他列举了美的、善的或大小的等事物来加以说明。他认为美的事物之所以是美的不是因为别的而是因为它分沾了美。同样的，善的事物之所以是善的就是因为它分沾了善。在思想的作用下，苏格拉底得出了这样一个明确的结论:”一切美物之所以为美的，是由于‘美’(美本身)。这一结论显然是后来柏拉图理念论的先导思想。    

由此可见，苏格拉底确实反对了之前自然哲学家们的思想，但是，由此并不能得出他就没有自然哲学的思想。因为他反对先前的自然哲学仅仅是因为先前自然哲学的研究方式是不对的而己。从自然就是存在的角度上说，他还是从“自然”这个角度来说明万物的。只不过到了他这里，他更关心的是万物中“人”这样特殊自然存在物而己。因为人不仅具有万物的自然性，而且人还具有人之为人特殊的自然性。因此，如果将人的问题研究清楚了，那么，整个自然性的含义也随之清楚了。    

因此，苏格拉底是有自然哲学思想的。他的自然哲学不仅深化了先前自然哲学的思想，而且更重要的是，他还将人也看作是自然事物，从而扩大了自然的含义，从而完善和丰富了希腊人世界即自然的思想。这样使得古希腊哲学真正可以将整个世界都包括在了哲学的研究范围之内。在研究方式上，苏格拉底关注的己经不再是“存在者”而是“存在者”背后的关系或根源。他想研究的己经不是万物的一些表象而是万物的本身，包括研究人本身。因此，他这样对自然问题的研究就必须看作是西方传统形而上学历史发展中的一个过程和阶段。只有从这种形而上学的高度上，我们才能够看到苏格拉底自然哲学思想在西方哲学发展中的重大意义。因此，如果说苏格拉底也是一位自然哲学家的话，那么，就可以这样来说，对于自然的研究不仅是西方哲学真正的开端而且也是西方哲学始终研究的基本内容。然而，如果将苏格拉底哲学只看作是人事哲学而没有看出人事哲学也是包含在他自然哲学思想之汇总的话，那么，这不仅没有看出他思想的伟大，相反，我们还认为这就降低了苏格拉底思想的伟大!