以马克思主义哲学方法研究中国哲学的历史进程和逻辑发展，是冯契哲学方法论运用的一个首出方面。而《中国古代哲学的逻辑发展》与《中国近代哲学的革命进程》二书，正是冯契用“马克思主义的立场、观点和方法研究中国哲学的逻辑发展”的重大成果。其中马克思主义哲学方法的运用，具体表现如下:    

其一，以唯物史观的普遍原理研究中国哲学历史发展的根据。冯契认为，哲学与其他意识形态一样，都是来源于人类社会实践;社会实践是哲学的源泉。事实证明，经济关系、阶级关系对哲学发展起着决定作用，但哲学有它相对独立的发展，每一种哲学体系都是吸收其先驱者留下的思想资料演变和发展而来，并且经济关系(阶级关系)对于哲学的决定作用是以政治思想斗争和科学反对迷信的斗争为中介而达到的。“政治思想斗争和科学反对迷信的斗争是推动哲学前进的两条腿”。上述唯物史观的一般原理也适用于中国哲学。    

除此之外，对中国哲学史还需更多的具体研究，因为中国有其特殊性，中国不同时代的阶级矛盾、政治思想斗争也各不相同。以春秋战国来说，其社会性质是地主阶级革命时期，“‘古今’、‘礼法’之争是当时整个政治思想领域论争的焦点”[1]63。与此相联，“天人”“名实”之辩也在哲学上相应展开。到了近代，社会性质是中华民族反帝国主义和封建主义的革命时期，政治思想斗争围绕“古今”“中西”之争展开。哲学论争主要是围绕历史观、认识论、逻辑与方法论、人的自由和理想问题四个方面展开。而秦汉到鸦片战争之前这段历史中，地主与农民的矛盾是社会主要矛盾，但农民没有自己的科学的哲学体系，相应地，影响哲学发展的，首先是科学反迷信的斗争，其次是地主阶级内部的政治思想斗争，哲学论争先后主要是围绕神形、有无、心物、力命、理气和知行等关系问题展开的。  

其二，从思维与存在关系问题的马克思主义立场出发，研究哲学基本问题在中国哲学史上的具体表现。前述中国哲学历史发展的根据，是以社会存在决定社会意识的普遍原理所作的考察。而除了社会意识的一般根据外，哲学作为一种特殊意识形态，还有其自身的特殊矛盾(根据)，这就是思维与存在的关系问题。冯契对中国哲学史的研究采取了马克思主义在哲学基本问题上所持的辩证唯物论的立场、观点和方法，他特别注意哲学基本问题在中国哲学史各个阶段的具体表现。在先秦，它主要表现为“天人”之辩和“名实”之辩，还表现为“有无(动静)”“理气(道器)”之辩的兴起。“有无”之辩在魏晋成了中心，“理气”之辩在宋明成为天道观上首要的问题。认识论上，先秦除了“名实”之辩，也提出了“形神”“心物(知行)”之辩。形神关系问题到了汉代十分突出，心物(知行)之辩在隋唐之后成了中心问题。而中国近代哲学则在更高的发展阶段，对上述诸问题展开论争。  

其三，以逻辑与历史相统一的方法研究中国哲学的逻辑发展。所谓历史的方法，就是要把握研究对象基本的发展线索、内在的因果关系，看它在历史上如何发生、怎样发展。而要能真正把握基本的因果关系，就要抓住对象的本质的矛盾、典型形式，去除偶然因素、外在形式，然后综合起来，把握其必然联系和发展规律，这也是逻辑的方法。所以说，“历史从哪里开始，思想进程也应当从哪里开始”，基于此，冯契认为历史的方法与逻辑的方法本质上是统一的。    

去除各个哲学体系的外在形式和偶然因素，揭示其中所包含的基本范畴，并把它们作为人类认识过程的必要环节进行考察，是这一方法的首要问题。这样可以发现，哲学史有着经验论和唯理论的对立、独断论与怀疑论的对立、直观唯物论与唯心辩证法的对立，并包含着感性与理性、绝对和相对、客观规律和主观能动性等对立范畴。这些对立的范畴大体上是整个人类认识史发展的一些主要环节。经过这些环节，哲学史就表现为一串圆圈，全部哲学史显示为由若干小圆圈构成的一个大圆圈。   

 以此看中国哲学史，它的历史发展，也大致显现出三个圆圈:(1)中国古代哲学从阴阳说开始经过曲折发展，在先秦主要表现为“天人”“名实”之辩，并由荀子对此做了一个总结，达到朴素唯物论与朴素辩证法的统一。秦汉以后，中国哲学关于“有无”“理气”“神形”“心物”等问题的论争，由王夫之作了总结，并达到了朴素唯物论与朴素辩证法的统一。(3)到了近代，历史观从传统的变易史观发展到进化史观、唯物史观和一般的辩证发展观。在认识论方面，魏源、章太炎和孙中山在知行学说上都提出了重要见解，二者最后由毛泽东提出“能动的革命的反映论”作了总结，从而达到了唯物辩证法的新阶段。    

最后，冯契结合哲学发展的普遍根据(社会实践)和特殊根据(基本问题)，将哲学史界定为:“根源于人类社会实践主要围绕着思维与存在关系问题而展开的认识的辩证运动。”「‘]”他对中国哲学史的研究，就是对根源于中国社会实践、主要围绕思维与存在关系问题的具体表现而展开的认识史的研究。其研究把握了中国哲学的基本范畴、认识环节和完整体系，典型地体现了马克思主义哲学立场、观点与方法的运用。冯契对马克思主义哲学方法的成功运用，克服了中国哲学史研究“左”的和形而上学的倾向，从而取得了重大突破。