(1) 缺乏系统性。企业经济效益审计所采用的方法主要有:经济性审计的主要方法，数量分析法、比较分析法、标杆法;效果性审计的主要方法，调查法、问题解析法、专题讨论会；效率性审计的主要方法，比较分析法、因素分析法、量本利分析法。但缺乏系统化的方法的企业在中国的经济效益审计中，一般的研究是零散的，没有形成一个系统，一个完整的理论框架和标准的操作指南。企业和审计人员，开展企业经济效益审计实践时，所选用的经济效益审计方法往往是基于他们的经验，而不是系统化的审计方法。企业在执行经济效益审计时，钊对同一公司的审计目标，审计内容进行审计，但不同经验背景的审计人员，由于选择不同的方法，在相同企业形成的经济效益审计结果势必不同，所以由于审计方法缺乏系统性致使企业经济效益审计存在风险。

（2）在企业的发展中。我国普遍重视效果指标，在确定经济效益审计评价标准时对反映效率性的标准重视度不足。企业在经营活动中更加注重效果性的指标，如利润增长率。举例来说，成本是一个综合指标，以反映业务活动的效果。在企业的日常运作和管理中，应不断降低成本，加强成本管理，可使企业费用降低，最终达到获得更大的效果与此同时，企业往往对效率指标重视程度不够，忽视了总资产周转率等指标，效率指标和效果指标是相辅相成的，缺一不可。

 (3) 非财务指标的使用不足或对非财务指标运用不当，缺乏经验在审计人员对被审计单位进行经济效益审计时，大多采用财务指标对企业进行评价分析，做出审计决定。不能做到在审计过程中把财务指标和非财务指标结合，对被审计单位做出更加全面、科学、合理的审计结果，因此被审计单位经济效益审计存在风险。