(1)宗教团体的登记制度。《宗教事务条例》未对宗教团体的成立、变更、注销进行专门规定。仅在第6条规定，成立、变更或注销宗教团体需按照《社会团体登记管理条例》中的相关规定来办理。《社会团体登记管理条例》第6条规定，中国对社会团体采取双重负责管理的制度，即民政部门为宗教团体登记的主管部门，宗教事务部门既要配合民政部门进行登记管理工作，也要对宗教团体遵守法律法规和章程的情况进行监督和指导。     

 (2)宗教出版物管理制度。第一，根据《宗教事务条例》第7条的规定，宗教出版物分为内部资料性出版物以及公开发行的出版物。两类出版物分别采取不同的批准程序。第二，宗教出版物除了符合《出版管理条例》的规定外，还不得含有破坏性、歧视性以及宣扬宗教极端主义、违背宗教独立自主自办原则等五项内容。另外，《商标法》第10条列举了不得作为商标使用的标志，其中包括同“红十字”、“红新月”等名称、标志相同或者近似的、带有民族歧视的标志。《广告法》第7条列举了广告不得含有的内容，其中包括带有民族、种族、宗教、性别歧视的内容。    

 (3)宗教院校设立制度。第一，《宗教事务条例》第8条规定了设立宗教院校的审批程序:宗教团体向拟设立宗教院校所属的宗教事务部门申请，经同意后报国务院宗教事务部门审批。EGG]第二，该条例第9条规定了设立宗教院校，应当符合下列基本要求:培养目标明确、办学章程和课程计划具体、有一定符合办学章程的生源、有稳定的办学资金及经费、有与教学任务及规模相适应的场所、设施、设备、有符合要求的教职人员和组织机构，布局合理。第三，根据2007年8月国家宗教事务局发布的《宗教院校设立办法》的规定，对高等和中等宗教院校的招生对象、任课老师、教学图书等都有着不同的具体要求。

  (4)宗教财产的管理制度。根据《宗教事务条例》第30条的规定，宗教财产包括宗教团体以及宗教活动场所的财产。本文将宗教财产的有关内容归于本章节中进行讨论，其内容同样适用于宗教活动场所的财产管理制度。主要有以下几项规定:第一，宗教财产受法律保护。禁止对宗教财产进行侵占、损毁、哄抢、私分以及非法扣押、查封、冻结、处分、没收等行为。第二，宗教财产中的房屋及土地应实行产权登记。禁止转让、抵押和投资用于进行宗教活动的房屋、建筑物或教职人员的住房。第三，允许宗教界按照法律规定从事社会公益活动，所获利益和收入的用途必须是与宗教团体、宗教活动场所宗旨相符合的事业。     

 (5)宗教教职人员的认定备案制度。宗教教职人员管理制度属《宗教事务条例》第四章的内容，同时关系到宗教团体以及宗教活动的管理。本文将宗教教职人员管理制度归于本章节进行阐述，在宗教活动的章节中将不再讨论。第一，  《宗教事务条例》以及其他法律法规未对宗教教职人员的认定标准和方式进行规定，该规定是由各全国性宗教团体按照各自的情况和特点而制定的。如《汉传佛教教职人员资格认定办法》、《天主教教职人员认定办法》、《伊斯兰教教职人员资格认定办法》等。第二，根据《宗教事务条例》第27条的规定，宗教团体有权对宗教教职人员进行认定，经认定后向宗教事务部门备案。一般情形下应向县级以上宗教事务部门备案，但存在两个例外，即藏传佛教活佛传承继位，应向设区的市级以上宗教事务部门或者设区的市级以上人民政府批准;天主教的主教应向国务院宗教事务部门进行备案。第三，根据2006年《宗教教职人员备案办法》的规定，宗教教职人员经过认定及备案之后，宗教团体方可向其颁发职业证书，并举行任职仪式。